Spira... dos años después de La Calma. El Clero y el Dogma de Yevon han perdido la mayor parte de su poder y los sacerdotes del templo ya no se sientes útiles en la sociedad. Las máquinas albhed ya están permitidas y la mayoría de la gente ha tenido que buscarse otro objetivo en la vida, muy distinto al anterior, ya que la mera existencia de Sinh les condicionaba. Grupos como los legionarios, no saben lo que hacer tras la muerte de su enemigo. Yuna, antigua invocadora, dedica ahora sus días al espectáculo, se ha convertido en una popular cantante rodeada de fans. Parece mentira pero La Calma eterna ha provocado más disturbios que el propio Sinh. Ha acabado por destrozar el orden de Spira y arrebatarle su significado, aunque hay cosas que jamás cambiarán: el Clero oculta un AS en la manga y todavía tiene secretos que esconder.

Por otro lado, un inesperado mensaje de Kimhari convence a Yuna para abandonar todo y emprender nuevas aventuras. El mensaje parece ser una esfera, en la que puede vislumbrarse un video de quien parece ser Tidus, encarcelado... El futuro de Yuna, Rikku y Paine estará por decidir. Comenzarán su viaje como Caza-esferas adoptando el nombre de "Las Gaviotas", y junto a Hermano, Colega y Shinra (un joven Albhed superdotado) viajaran por toda Spira en busca de la esfera que les den alguna pista para poder llegar hasta "Él"...